読書中 「Genes in Conflict」 第9章 その12

Genes in Conflict: The Biology of Selfish Genetic Elements

今日はB染色体の頻度がどのような要因によって説明できるかという視点から
まずB染色体はゲノムが大きいほど，染色体数が少ないほど頻度が高い．これは相反するような結果であり興味深い．これは研究のメタ解析の結果であり，ここで著者はこれまでの研究バイアスを避ける方法について代理変数やらロジスティック回帰まで出して延々と説明を始める．結果はバイアスを差し引いてもこの相関は残るということで，なんだかわからないが，この問題は重要だと考えているらしい著者の気迫が感じられる．
つづいて植物のB染色体についてゲノムサイズとの正の相関関係の複雑さを解説．単子葉と双子葉で様相が異なるなど複雑である．相関はあるとしてどのような因果があるのかはよくわからないらしい．確かになんとでも説明できそうだ．染色体数とは逆相関だが，この因果もよくわからない．なんだか欲求不満になりそうな結果だ．

次はA染色体の形状，特に動原体数との関係．
A染色体については動原体が多いほどドライブにおいて有利であれば核型は端動原体タイプが多くなり，そして逆であれば中央動原体タイプが多くなる．これがB染色体にも当てはまれば，Bは1価のときにドライブがかかるので動原体が多い方がドライブかがかかる場合にはBもそちらに引かれるだろう．すると端動原体タイプが多い核型のもとでB染色体が多いことが予想されると説明されている．ここの説明はよくわからない．動原体が少ない方が好まれるときには，B染色体はドライブをかける以上そちらに引かれるだろう，するとここでいうような相関はないはずである．それとも動原体が多い方が有利な状況の方が，Bにとってドライブがかかりやすいという意味なのだろうか?

ただし示されたデータは端動原体タイプとB染色体の頻度の相関を示している．理由についてはBがA起源であるとも，同じ淘汰圧が核型に働いた可能性も，端動原体がよりBを生み出し得やすい可能性もあるとしている．やはり因果がわからないのでいろいろな説明が可能ということのようだ．もっと詳しいメカニズムがわからないと何ともいえないのだろう．

第9章　B染色体　 その12

6. B染色体に伴うファクター

(1) ゲノムサイズ

B染色体の存在（頻度）を種ごとにとって要因分析を行うと，ゲノムサイズの大きさと染色体の少なさが有意に効いていることがわかった．理由はわかっていない．

a. 研究深度の是正

B染色体は典型的には小さく，研究者に知られていないものが多いと思われる．このバイアスを除去しても研究深度はこの相関に影響を与える有効な要因にはならなかった．

b. ゲノムサイズとB染色体の存在

植物ではB染色体はゲノムサイズの大きな植物により多く見つかる．B染色体の有無によるゲノムサイズの差は60％である．しかしすべての被子植物でこの相関が得られるわけではない．
このことの意味はよくわかっていない．

(2) 染色体数

染色体数はB染色体数と強く逆相関する．なぜそうなのかはやはりよくわかっていない．

(3) 倍数

倍数体が異なる個体同士の交配がBを作るなら，倍数が多様なほどBが多いと期待できる．しかし分析すると有意な相関は得られない．

(4) A染色体の形

動原体のドライブの理論からは，端動原体タイプが多い核型のもとでB染色体が多いことが予想される．

哺乳類のデータは強くこの予想を支持している．系統の影響を補正しても強い相関を持っている．

	種数	Aが端動原体型である比率	p値
すべての哺乳類
B	57	67%
nonB	1116	43%	＜0.0001
齧歯類
B	45	68%
nonB	346	50%	0.004
非齧歯類
B	12	64%
nonB	669	41%	0.04